Lofotrådet styres av ordførerne i de 6 medlemskommunene. Ledervervet går på omgang og i perioden 2011 til 2013 ledes styret av ordfører Lillian Rasmussen fra Moskenes.
I tillegg er det nedsatt et arbeidsutvalg bestående av ordfører Lillian Rasmussen (leder), Moskenes kommune, ordfører Jonny Finstad (nestleder), Vestvågøy kommune og ordfører Eivind Holst, Vågan kommune.
Lofotrådet møtes ca 6 ganger i året, mens arbeidsutvalget møtes etter behov.